如何在python中调用R？它包括如何调用R的对象（函数和包），R和python的对象如何相互转换，以及如何调用R的脚本（输入外部参数）。python提供了一个模块rpy2，可以更好地完成这项工作。

一、安装rpy2

rpy2网站：http://rpy.sourceforge.net/index.html

easy_install可用于安装，# easy_install rpy2

注意事项：

(1)如果是源代码编译安装R，则需要在configure步骤中添加后缀 --enable-R-shlib。

(2)python-devel包需要安装。

二、python调用R对象

1、使用rpy2.robjects包r对象

调用方法如下：robject.R的调用方法实际上是打开R的交互过程，只需将R代码写入字符串(注1)，然后调用R:

py2.robjectsasrobjects

此时，调用R对象的方法有三种：

第一种：robjects.r['pi']

第二种：robjects.r('pi')(这种方法在某种程度上是万能的，因为任何大小和长度的R代码都可以写成python字符串，然后通过robjects.r('Rcode')调用执行。)。

第三种：robjects.r.pi(这种方法对名称中的“点”变量有问题，比如data.frame/read.csv等，建议使用第一种方法)

相关推荐:Python教程

以下是创建和使用R函数（自己创建的函数或R内置函数）。注意：最后一种方法对处理一些特殊格式非常有效：

#creatanRfunction
>>>robjects.r(
'''
f<-function(r){pi*r}
.'''
)
>>>robjects.r['f'](3)
[9.424778]
#internalfunctioninR
>>>robjects.r['ls']()
#anotherinternalfunction
>>>l=robjects.r['letters']
>>>len(l)
>>>robjects.r['paste'](l,collapse='-')
#analternativewayofgetting'paste'functioninR
#evaltheRcode
>>>coder='paste(%s,collapse="-")'%(l.r_repr())
>>>robjects.r(coder)

对于一些特殊的R对象，如list和matrix，如果python想转移一些数据，可以通过rx()和rx2()来操作。对于list，您可以查看其name属性，以获得列表中的每个元素名称。rx()相当于"["操作(注意R的list对象)，rx2()相当于"[["操作。一个例子：

>>>tmp=r("list(a=matrix(1:10,nrow=2),b='Hello')")
>>>printtmp
$a
[，1][，2][，3][，4][，5]
[1,]13579
[2,]246810
$b
[1]"Hello"
>>>tmp.names
<StrVector-Python:0x8afdc8c//R:0x8ce0a70>
['a','b']
>>>tmp.rx('a')
<ListVector-Python:86c//0x8afdR:0x8cf71c0>
[Matrix]
a:<class'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
<Matrix-Python:0x8b013cc/R:0x97de388>
[1,2,3,...,8,9,10]
>>>tmp.rx(1)
<ListVector-Python:0x8b010cc/R:0x8cf7100>
[Matrix]
a:<class'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
<Matrix-Python:0x8b017cc/R:0x97de388>
[1,2,3,...,8,9,10]
>>>tmp.rx2(1)
<Matrix-Python:0x8b01b4c/R:0x97de388>
[1,2,3,...,8,9,10]
>>>tmp.rx2('a').rx(1,1)#firstelementof'a'
<IntVector-Python:0x8b01acc/R:0x8cf6fa0>
[1]
>>>tmp.rx2('a').rx(1,True)#firstrowof'a'
<IntVector-Python:0x8b01f2c/R:0x965ffd8>
[1，3，5，7，9]

注意事项：

若函数有警告（warnings），它可以在ipython等IDE上执行，但如果是脚本或与网页服务器交互，则会出现错误。

解决办法：

(1)鲁莽的解决方案很简单，强行忽略R的警告，options(warn = -1)或将R代码放入函数中的supreswarnings()。

(2)第二种方法是，如果在自己的代码中使用warning()函数，则用字符串替换warning信息，然后单独输出。

如果R的函数参数用于向量，有两种解决方案：

(1)使用robjectt.**Vector()函数(见下)首先将python对象转换为R对象，然后带入函数；

(2)直接使用python对象，一个例子:

>>>fromrpy2.robjectsimportr
>>>a=r['matrix'](range(10),nrow=2)
>>>printa
[，1][，2][，3][，4][，5]
[1,]02468
[2,]13579

2、python对象转换为R对象

通常，python的list对象可以转换为R的vector对象，然后直接调用R函数。相应的函数是robjects.StrVector()/robjects.IntVector()/robjects.FloatVector()/robjects.complexVector()/robjects.FactorVector()/robjects.BoolVector()/，这些函数将python列表转换为R字符/整数/浮点/复数/因子/布尔向量。robjects.ListVector()将python字典转换为R列表。

具体转换可见httpp://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/vector.html#creating-vectors

比如：

>>>testmatrix=robjects.IntVector(1，2，3，4)
>>>robjects.r['matrix'](testmatrix,nrow=2)
#anotherdynamicargumentsexample
>>>x=robjects.IntVector(range(10))
>>>y=robjects.r.rnorm(10)
>>>kwargs={'ylab':'foo/bar','type':'b','col':'blue','log':'x'}
>>>robjects.r.plot(*args,**kwargs)
>>>

注意事项：

使用vector系列函数时，只能输入python列表，而不是数字或字符串。

3、R包装载入和使用

使用rpy2.robjects.packages.调用importr对象的方法是

>>>fromrpy2.robjects.packagesimportimportr
>>>base=importr('base')
>>>stats=importr('stats')
>>>affy=importr('affy')
>>>stats.rnorm(10)
若要引用一个包中的隐变量，也很简单，只需将其装入包中，然后将所有r命令转化为字符串，然后引用(这种方法是万能的)，比如
>>>fromrpy2.robjects.packagesimportimportr
>>>importr('hwriter')
>>>a=r('hwriter:::hwrite.table(matrix(1:10,2))')
>>>print(a)
[1]"<tableborder="1">n<tr>n<td>1</td><td>3</td><td>5</td><td>7</td><td>9</td></tr>n<tr>n<td>2</td><td>4</td>
<td>6</td><td>8</td><td>10</td></tr>n</table>n"

4、导入R脚本

使用R的source函数：

fromrpy2.robjectsimportr
r.source('testrscript.r')

5、转换R对象为全局变量

使用函数robjectsss.globalenv()将对象转换为全局变量，特别是当python找不到R对象时(R对象可能通过R('Rcode')调用)，注意将R对象转换为全局变量。

三、R对象转换为python对象

推荐使用tuple( )或者list( )将R对象转换为tuple或list的函数。

>>>a=r('c(1)2，3)')
>>>a
<FloatVector-Python:0x904746c/R:0x9114978>
[1.000000，2.000000，3.000000]
>>>str(a)
'[1]123n'
>>>tuple(a)
(1.0，2.0，3.0)
>>>list(a)
[1.0,2.0,3.0]
>>>b=r('matrix(1:6,2,3)')
>>>b
<Matrix-Python:0x9039c6c/R:0x9114710>
[1，2，3，4，5]
>>>printb
[，1][，2][，3]
[1,]135
[2,]246
>>>tuple(b)
(一、二、三、四、五、六)
>>>list(b)